桶装純淨水生産線设備生産用水消毒在國際上，飲用水消毒領域普遍使用的方法是二氧化氯消毒劑進行消毒。因爲二氧化氯消毒劑具有安全、廣譜以及作用快，時間段、不會産生三致物質（致畸、致癌、致突變）、對人體無刺激等優點，而被世界衛生組織列爲A1級安全消毒劑，而且能除去水中的異味和有色的鐵、錳等離子，改善水質，用0.5——1.0mg/L的二氧化氯可以直接加入水體殺菌。
灌装设备、管道系统、水处理系统设备的消毒灌装设备、管道系统、水处理系统设备的微生物污染的控制主要是实用化学消毒剂，蓄水池、不绣钢管道、水處理設備（包括超滤系统）、配料水槽、管道消毒的浓度为50mg/L，可采用擦洗、喷淋、浸泡循环等方式进行杀菌消毒，五分钟后用纯净水或无菌水冲洗干净。每周消毒一次。为减少膜系统的氧化，消毒时应注意避开含有膜系统的设备。
PE水桶、桶蓋消毒回收的包裝桶以及采購的桶蓋、瓶蓋，其衛生情況較差，空桶的清洗、消毒是否徹底，直接關系到産品的質量。是飲用水生産産品質量控制的重點。動態循環消毒回收的PE桶用堿洗水沖後再用50——80mg/L二氧化氯消毒液通過自動洗瓶機高壓噴射消毒，消毒時間爲10——15秒。消毒後可以不需要用純淨水沖洗，稍控幹桶內消毒液後即可灌裝，水中極微量的二氧化氯即可作爲保鮮劑延長純淨水保質期。消毒液可循環使用，每隔2小時需要添加原消毒液加量的20%——30%作爲消耗補充將消毒液配制成2000mg/L的濃縮液連續添加。消毒液每天配制。汙染較重的回收桶、瓶需要先用50mg/L的二氧化氯消毒液浸泡5～10分鍾，而後用以上方法進行動態消毒。
